Foi no ano de 1625 que se iniciaram as obras deste convento, sendo a torre concluída em 1660. Está localizado na Várzea Grande e junto ao antigo quartel do Regimento de Infantaria 15.
Por causa deste convento houve litígio entre a Ordem de Cristo e a Câmara. A sentença foi favorável à Câmara e esta mandou erigir um padrão para comemorar tal facto (padrão do centro da Várzea Grande).
Os Franciscanos viviam em Santa Cita, uma pequena localidade nos arredores de Tomar.
Em Tomar tinham também uma pequena casa onde os seus doentes convalesciam. Era, no entanto, seu desejo mudarem-se para Tomar. Assim, em 17 de Julho de 1562, o Principal da Ordem obteve licença régia para o efeito e a Câmara cedeu o terreno para a construção do convento na Várzea Grande.
Mas o Cardeal D. Henrique, que era, ao tempo, Mestre de Ordem de Cristo, opôs-se, alegando que a Várzea era propriedade da Ordem.
A Câmara não se conformou e levou a questão aos tribunais.
A demanda arrastou-se e, só em 15 de Maio de 1624, Filipe III resolveu a favor da Câmara.
Em face disto, os franciscanos foram então autorizados a construir o seu convento no local onde, ainda hoje existe. Como condição, foi-lhes imposta a obrigatoriedade de não abandonarem o velho convento de Santa Cita.
